參加合作醫(yī)療的農(nóng)民，無論門診診或住院，實際發(fā)生的醫(yī)療費用，只要符合合作醫(yī)療相關(guān)規(guī)定，均可獲得一定比例的補(bǔ)償。

1、門診補(bǔ)償。參合農(nóng)民在定點醫(yī)療機(jī)構(gòu)門診就醫(yī)，其醫(yī)藥費用，可按縣市制定的門診補(bǔ)償辦法及補(bǔ)償程序，獲得補(bǔ)償，但在非定點醫(yī)療機(jī)構(gòu)就醫(yī)的不予補(bǔ)償。

2、住院補(bǔ)償。參合農(nóng)民因病需住院治療，必須在合作醫(yī)療定點醫(yī)療機(jī)構(gòu)住院，其補(bǔ)償方式及補(bǔ)償比例，需按縣市制定的實施細(xì)則(方案)要求進(jìn)行補(bǔ)償。

(1)參合農(nóng)民在定點醫(yī)療機(jī)構(gòu)住院治療所發(fā)生的醫(yī)療費用，首先扣除起付標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定的數(shù)額，再扣除超出基本用藥目錄范圍的藥品費和有關(guān)特殊檢查費后，按比例補(bǔ)償。起付標(biāo)準(zhǔn)，按不同級別的醫(yī)療機(jī)構(gòu)確定。越是基層醫(yī)療機(jī)構(gòu)，起付標(biāo)準(zhǔn)越低．越是上級醫(yī)療機(jī)構(gòu)，起付標(biāo)準(zhǔn)越高。

確定起付標(biāo)準(zhǔn)，是按一級醫(yī)院(鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院)、二級醫(yī)院(縣市級醫(yī)院及部分州級醫(yī)院)、三級醫(yī)院和省級及以上醫(yī)院四個等級劃分的。

(2)參合農(nóng)民在定點醫(yī)療機(jī)構(gòu)住院發(fā)生醫(yī)療費用，減去起付標(biāo)準(zhǔn)的金額。再減去應(yīng)當(dāng)自付的部分金額，就是計算補(bǔ)償?shù)姆秶?。以此為基?shù)。按補(bǔ)償比例計算出應(yīng)當(dāng)補(bǔ)償參合人的具體數(shù)額。

具體補(bǔ)償比例，也是按照一級醫(yī)院、二級醫(yī)院、三級醫(yī)院和省級及以上醫(yī)院級別確定的。具體比例分別為60％、50％、30％、20％。個別縣市在制定方案時，適當(dāng)提高了基層定點醫(yī)療機(jī)構(gòu)的補(bǔ)償比例，屬正常情況。